در اجرای ماده ۵۹ قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران، به منظور افزایش کارایی نظام مالیاتی و رفع موانع سازمانی موجود و همچنین تمرکز کلیه امور مربوط به اخذ مالیات در یک سازمان واحد، سازمان امور مالیاتی در بهمن ماه سال ۱۳۸۱ به صورت یک موسسه دولتی و زیر نظر وزیر امور اقتصادی و دارایی ایجاد گردید.
با ایجاد این سازمان کلیه اختیارات، وظایف، نیروی انسانی، امکانات و تجهیزات موجود وزارت امور اقتصادی و دارایی در معاونت امور مالیاتی و بخش‌ها و حوزه‌های مالیاتی به این سازمان منتقل گردید.